2008年5月現在では有名ツールでAPNGに対応しているものは確認していません。 しかし、FirefoxやOperaの次期バージョンがAPNG対応なのですぐに対応することと思います。
現時点でAPNGを作成できるツールはFirefoxアドオンの「APNG Edit」を確認しています。 これだけだとFirefoxユーザ以外使えないので、APNG作成用の簡易ツールを用意しました。
=> APNGfromCSV
注) Adobe AIRのアプリケーションなのでランタイムが必要です。 現在、Window版とMacOSX版のランタイムを確認しています。 Linuxはベータ版のようです。