また、出張旅費等で一時的に自分で立て替えたものを精算した場合も当然課税されません。(出張旅費規定などにもとづき支給されていること。)
この場合、出張旅費規定などにもとづき支給された金額が実費を超えていたとしてもそれは課税されません。
(例:部長職以上は出張時グリーン席OK、という社内規定に基づきその特急料金を支給されたが、実際には自由席で出張した場合でも差額は課税されません。)
ただし、いくら所得税法上問題がなくてもこれは横領なので、発覚した場合ほかの問題がないとは言い切れませんが。
tomokos氏の提案により追加