「認定長期優良住宅」の解説
認定長期優良住宅の新築等をした場合については、

(1)認定長期優良住宅の新築等に係る住宅借入金等特別控除の特例
(2)認定長期優良住宅新築等特別税額控除

の二つがあります。

(1)は従来の「住宅借入金特別控除」のひとつとして扱うもの(年末調整の対象となるもの)で、(2)は確定申告で控除できるもので居住年のみ(年末調整の対象とならないもの)です。

名称もソックリなので非常にややこしいのですが、両者は別物と考えてください。

年末調整の対象となる(1)のほうは、税務署から「住宅借入金特別控除」として9年分まとめて書類が送られてきていますから、その書類を使って年末調整をおこなってください。