通勤手当の非課税限度額
 毎月通勤手当として支給される金額のうち、月額15万円以下のものについては所得税の非課税とされているので、あらかじめ給与の金額から除いて計算して下さい。
(当然ですが、合理的な通勤経路であることが前提です。不合理な経路部分の通勤手当については、その部分は給与として課税されます。)
もし、通勤手当が1ヶ月15万円を超える場合は、その超える部分は給与の一部として課税されますので、その超える部分の金額を給与の支給金額に含めて計算して下さい。

また、出張旅費等で一時的に自分で立て替えたものを精算した場合も当然課税されません。(出張旅費規定などにもとづき支給されていること。)
この場合、出張旅費規定などにもとづき支給された金額が実費を超えていたとしてもそれは課税されません。
(例:部長職以上は出張時グリーン席OK、という社内規定に基づきその特急料金を支給されたが、実際には自由席で出張した場合でも差額は課税されません。)
ただし、いくら所得税法上問題がなくてもこれは横領なので、発覚した場合ほかの問題がないとは言い切れませんが。


国税庁 通勤手当の非課税限度額の引上げについて
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tomokos氏の提案により追加